Năm 1653, Chúa Hiền Nguyễn Phúc Tần chiếm vùng đất của Chiêm Thành từ Ðèo Cả đến sông Phan Rang, đặt dinh Thái Khang tức Khánh Hòa ngày nay, gồm 2 phủ Thái Khang (Ninh Hòa), Diên Ninh (Diên Khánh) và đưa dân vào định cư. Để đáp ứng nguyện vọng tâm linh của lưu dân thiền sư Tế Hiển, pháp hiệu Bửu Dương[2], là truyền thừa Lâm Tế Tông đời thứ 36, chi phái Thiền Liễu Quán, rời chùa Thiên Mụ (Huế) vào đất này (Khánh Hòa) khai sơn lập chùa Thiên Bửu (thượng) tại hữu ngạn sông Lốt và chùa Thiên Bửu (hạ) tại hữu ngạn sông Dinh vào khoảng những năm trước 1763.

Năm Minh Mạng thứ 16 (1835), ngài Liễu Bửu Huệ Thân trụ trì đời thứ tư của chùa được mời ra kinh đô dự "Thủy lục Đạo tràng" siêu độ trận vong quan binh vào tiết Trung nguyên, tháng Bảy và trúng tuyển kỳ khảo hạch của Bộ Lễ được sắc tứ giới đao và độ điệp. Hiện nay giới đao độ điệp còn lưu giữ tại chùa.